Episode 1: Man of Science, Man of Faith (La descente)
La seconde saison débute là où s'était achevée la première: Jack et Locke sont penchés au dessus de la fameuse trappe. Kate est choisie pour descendre dans le bunker ("The Hatch") et découvrir ce qui s'y trouve. Dans la jungle, Shannon est choquée de tomber nez à nez sur un visage familier. (Qui est-ce ?)
Les amis, parents, ennemis et étrangers doivent toujours travailler ensemble pour faire face à leur cruel destin s'ils veulent rester en vie. Mais depuis ces quarante jours passés sur l'île, ils ont découvert des secrets qui pourraient se retourner contre eux... Le danger les guette toujours et les autres rôdent...
Par ailleurs, Jin, Sawyer et Jin ont survécu à l'attaque des autres mais Walt est porté disparu...
Episode 2: Adrift (Seuls au monde)
Leur raft a été détruit par les autres.L'enlèvement de Walt en tête, les trois hommes (Michael, Jin et Sawyer) se battent pour sauver leur vie et découvrent un nouveau prédateur dans l'océan. Sur Terre , Locke descend dans la trappe car un membre des rescapés manque à l'appel: Kate
Episode 3: Orientation (108 minutes)
Jack, Locke et Kate apprennent un peu plus sur la mystèrieuse trappe. Tandis qu'après avoir été battus et capturés, Michael, Jin et Sawyer se demandent si leurs ravisseurs sont d'autres survivants ou les redoutés "Autres"
Les flashbacks présents dans "Orientation" nous révèlent un peu plus sur la vie de John Locke. Cet épisode introduit un nouveau personnage: Helen. La quarantaine, Helen est sexy, joyeuse et conviviale. Elle détient néanmoins, un côté sombre avec un certain passé qui va boulverser bien des choses...
Episode 4: Everybody Hates Hugo (Le mal aimé)
Cet épisode nous plonge au coeur des souvenirs de Hurley, liés à ce qu'il doit accomplir à l'interieur de la trappe. Sawyer, Jin et Michael découvrent enfin la veritable identité de leurs ravisseurs: ce sont les passagers de l'arrière de l'océanic 815 ! Claire quant à elle comprend avec effroi ce qui s'est passé sur le radeau !
Rose (L. Scott Caldwell) fait son grand retour dans "Lost", Bernard (Sam Anderson - Urgences) serait en vie...
Episode 5: ...And Found (Retrouvés)
Michael se met en route dans la jungle à la recherche de Walt, enlevé par les Autres. Il découvre très vite qu'il n'est pas seul. En attendant,les survivants de l'arrière demandent à Sawyer et Jin de les mener à leur camp. Sun, quant à elle cherche désespérément sa bague de mariage. Beaucoup de flash-backs nous dévoilent un peu plus la vie de Jin avant le crash. Nous découvrons l'ancien manager de Jin au Grand Hôtel de Séoul, M. Kim, son meilleur ami, Tai Soo et Jae Lee, un ennemi de Jin qui prétend avoir tout ce que lui n'a pas notamment un bonne education, le charme et la richesse. Tout cela nous mène à savoir pourquoi Jin est devenu ce qu'il est aujourd'hui.
Episode 6: Abandoned (Abandonnée)
La blessure à l'épaule de Sawyer devient de plus en plus préoccupante. Michael et Jin continuent leur chemin à travers l'ile avec les survivants de l'arrière. De son côté, Shannon est de nouveau hanté par les visions de Walt. Aussi, le choquant passé de Shannon avec son ancien mariage et son don de manipuler les gens sont révélés. De plus, il y est revélé la mort du père de Shannon à l'hôpital Saint Sébastian où travaillait Jack. Mr Rutherford est d'ailleurs decédé suite à un accident de voiture avec le véhicule d'une certaine Sarah (future femme de Jack). Finalement, Charlie devient jaloux de l'intêret que porte Locke à Claire.
Episode 7: The Other 48 Days (Les autres 48 jours)
L'arrière du vol 815 s'est échoué en pleine mer, près du rivage. Certains passagers parviennent à remonter à la surface et nager jusqu'à la plage. Les victimes sont nombreuses et les rescapés sous le choc tentent de venir en aide aux blessés. Ana-Lucia, Eko, Bernard et Libby font partie des survivants. Mais ils ne savent pas encore qu'un danger les menace sur l'île...
Episode 8: Collision/Old Habits (La rencontre)
Sayid se jete sur Ana Lucia après que cette dernière ait abattu accidentellement Shannon. Ana décide d'attacher solidement Sayid, craignant une vengeance de sa part. Pendant ce temps, la blessure de Sawyer s'aggrave et Eko decide de l'emmener seul auprès des autres rescapés... Libby, Bernard, Michael et Jin s'impatientent et voudraient rejoindre la plage des survivants de l'avant mais Ana Lucia n'est pas de cet avis.
Episode 9: What Kate Did (Message Personnel)
La vie passée de Kate nous est encore révélée. Son crime est dévoilé ! Locke et Eko font une découverte sur le film de la Dharma Initiative. Michael interagit étrangement avec l'ordinateur de la trappe.
Episode 10: The 23rd Psalm (Le Psaume 23)
Cet épisode lèvera le voile sur les 40 jours de silence de Mr Eko sur l'île. La symbolique de son bâton sera également dévoilée. D'après des sources sûres, Eko serait un homme d'église nigérian. En outre, Claire commence a perdre confiance en Charlie lorsque Eko commence l'interroger à propos des statuettes de la vierge Marie. Kate s'occupe de la coiffure de Sawyer.
Episode 11: The Hunting Party (En Territoire Ennemi)
Jack, Locke et Sawyer suivent la trace de Michael, déterminé à aller chercher son fils Walt sur le territoire des « Autres ». Par ailleurs, Sun est surprise de voir Jin prendre part à cette chasse à l'homme. Enfin, Charlie et Hurley tentent de résoudre une question existentielle: "Que veulent les femmes ?"
Episode 12: Fire+Water (Le Baptême)
Lorsque les rêves incroyablement surréalistes de Charlie le mènent à croire que Aaron le bébé de Claire est en danger, Locke le soupçonne de se droguer encore. Par ailleurs, Sawyer encourage Hurley à dévoiler son attirance pour Libby.
Episode 13: The Long Con (Conflits)
Tous les rescapés sont sous le choc, depuis qu'un mystérieux agresseur a tenté d'enlever Sun... Les "Autres" entrent alors en cause. La relation entre Jack et Locke devient de plus en plus tendue. Les deux hommes s'opposent a propos de la combinaison permettant d'accéder à la salle d'armement. Pour sa part, Sawyer semble amusé de voir croître les tensions entre Ana Lucia, Kate, Jack et Locke. Des Flashbacks nous éclairent sur la passé d'escroc de Sawyer.
Episode 14: One of Them (Un des Leurs)
Rousseau vient à la rencontre de Sayid afin de lui montrer un mystérieux captif dans la jungle. Ce dernier a été pris au piège par l'un des traquenards de Danielle Rousseau. La Française est perssuadé qu'il s'agit d'un Autre. Sayid est alors amené à découvrir la vérité sur cet homme... Sawyer découvre les "réserves gourmandes" d'Hurley et le fait chanter afin qu'il traque avec lui une créateur assez bruyante... une grenouille qui ne veut pas le laisser dormir !
Episode 15: Maternity Leave (Congés de Maternité)
Une mystérieuse maladie touche Aaron, le bébé de Claire. La jeune mère est alors desespérée et Rousseau lui demande alors si elle ne souvient vraiment plus de ce qui s'est passé (pendant son kidnapping)... Claire demande à Libby de l'aide avec une thérapie spirituelle, où de terribles souvenirs oubliés surgissent... Kate et Danielle Rousseau suivent Claire au coeur de la jungle, jusqu'à l'endroit, où la jeune femme a été sequestrée pendant plusieurs jours par les "Autres". Claire pensent que c'est en ces lieux qu'elle pourra trouver un remède pour la maladie de son bébé. Pendant ce temps, Jack et Locke font de leur mieux pour garder le captif de Rousseau secret.
Episode 16: The Whole Truth (Toute la vérité)
Sun se bat avec ses pensées, craignant d'avouer à Jin une vérité qui boulverserait la communauté des survivants. Pendant ce temps, Locke convainque Ana Lucia d'aller voir le prisonnier Henry Gale afin d'obtenir plus d'informations à son sujet... Policière, Ana Lucia obtiendra de meilleurs résultats que Jack et Sayid.
Episode 17: Lockdown (Bloqué!)
Alors que la trappe devient autonome et échappe à tout contrôle, Locke fait appel à une aide insolite. Ana Lucia, Sayid et Charlie s'enfoncent dans la jungle pour découvrir la vérité sur Henry.
Episode 18: Dave (Dans son Monde)
Libby soutient moralement Hurley lorsque celui-ci commence à croire que l'île a un étrange effet sur lui. Les desseins de Locke sont ébranlés quand Henry Gale lui fournit de nouveaux renseignements sur la trappe.
Episode 19: S.O.S (S.O.S)
Rose est étonnamment et vivement opposée à l'intention de Bernard de créer un signal de S.O.S. La flamme romantique entre Kate et Jack se ravive alors qu'ils partent dans la jungle pour négocier un accord avec les "Autres". De son côté, Locke commence à mettre en doute la foi qu'il porte en l'île.
Episode 20: Two for the road (Compagnon de déroute)
Kate et Jack ramènent au camp Michael, épuisé par son périple. Ce dernier détient d'importantes révélations à propos des "Autres". De son côté, Ana tente de faire avouer Henry. Hurley organise un rendez-vous avec Libby.
Episode 21: ? (Sous surveillance)
Eko enrôle Locke pour l'aider à trouver l'endoit secret où se cache tous les mystères de l'île. De leur côté, Jack et les autres survivants luttent pour faire face à la terrifiante situation qui a lieu sous la trappe.
Richard Malkin, le voyant que Claire a consulté dans la première saison apparait au cours de cet épisode.
Dans des flashbacks à l'aéroport, Charlotte Malkin délivre un message à Eko et Libby demande si tout va bien.
Episode 22: Three Minutes (Ces quatre là)
Déterminé, Michael persuade Jack et plusieurs rescapés de l'aider à sauver Walt des "Autres". Charlie conteste la décision d'Eko, de cesser la construction de l'église qu'ils avaient entrepris.
Episode 23: Live Together, Die Alone 1/2 (Vivre ensemble...)
Après avoir fait une étrange découverte en mer, Jack et Sayid proposent un plan pour affronter les « Autres » et recupérer Walt. Par ailleurs, Eko et Locke en viennent aux poings, lorsque Locke prend une dangereuse décision concernant le bouton et la trappe.
Episode 24: Live Together, Die Alone 2/2 (...et mourir seul)
Après avoir fait une étrange découverte en mer, Jack et Sayid proposent un plan pour affronter les « Autres » et recupérer Walt. Par ailleurs, Eko et Locke en viennent aux poings, lorsque Locke prend une dangereuse décision concernant le bouton et la trappe.